まず、PETでは検出できないガンがあることを知っておかねばなりません。
とくに、注射した放射性薬剤（PET薬剤）は腎臓から尿として排泄される為、泌尿器には放射性薬剤が集まってきます。
このため、腎臓、尿管、膀胱、前立腺に関しては、病変の有無を判定することはできません。
また進行が遅いガンでは、ガン細胞の増殖がゆっくりしているので、放射性薬剤が集まらず、発見することができません。
また、ガンでなく炎症が強い場合にも放射性薬剤が集まることがあり、判定のむつかしい場合があります。
さらに、PETの分解能（いわば画質）はCTやMRIに較べるとかなり落ちるため、画質が悪いという難点があります。