レントゲン検査と違って胃のなかを直接観察できるため、診断が確実であること、また悪性か良性かを決定する決め手になる組織検査ができるという利点があります。
また、まぎらわしい病変にはNBIをつかって、その場で悪性か否かを判断したり、ガンの範囲を正確に決定することもできるようになりました。
さらには、超音波内視鏡検査でガンの進行度（深達度）まで調べることもできるようになっています。