クローン病は再燃・再発を繰り返し慢性の経過をとります。
完全な治癒は困難であり、症状が安定している時期（緩解）をいかに長く維持するかが重要です。
手術をしても再発を繰り返すため、安易に手術を考えてはいけません。
しかし、長い経過のうちには穿孔や膿瘍、痔瘻などのため手術をしなければならない場合も多く、実際の手術率は、発症後５年で３割、10年で７割ともいわれています。