腸におこる合併症としては、狭窄のため食物の通過が悪くなります。
また、腸と腸同士がくっついてトンネルができたり、腸が膀胱や膣にもくっついて、トンネルをつくったりするため、膿が溜まったり、高熱がでる、腹痛がひどくなる、出血がひどくなるなどの症状が出てきます。
また難治性の痔核や痔ろうをつくって、肛門周囲が膿んだり、出血、痛みが強くなります。
腸以外には、約３０％のかたに手足の関節の腫れや痛みがみられます。
また１～２％のかたに、目に虹彩炎、皮膚に結節性紅斑を合併してきます。
さらに原発性硬化性胆管炎という、胆汁の流れが悪くなり肝硬変を引き起こす病気が、１～３％に合併してきます。