治療の第１は、胃酸の分泌を抑えるプロトンポンプ阻害薬（PPI）という薬を、8週間続けて服用することです。約８０％のかたにはよく効きます。
もし効果がなければ、薬を飲む時間を変更するとか、薬の量を増やすとか、種類を変えるようにします。それと同時に、胃腸の運動を活発にする薬や、他の制酸剤を併用します。
食道炎を繰り返し、狭窄をおこすような場合は、手術せざるを得ないことがあります。最近ではより負担の少ない内視鏡手術も行われるようになっています。