細い管を飲んでいただき、食道の中のｐＨを測定するのが最も正確な診断になります。
本来、食道の中はほぼ中性（ｐＨ７）ですが、この病気になると酸性（ｐＨ４以下）となるので診断できるのです。
しかし、この検査は苦痛を伴うため、簡略な方法として、本症の治療薬であるＰＰＩ（プロトンポンプインヒビター）を試しに飲んでいただき、これが非常に効くようであれば胃食道逆流症と診断してよいとされています。