プロトンポンプ阻害剤を長期服用していくと、食道のもろくなった円柱上皮のなかに、本来の食道粘膜である重層扁平上皮が出現してくることがわかっています。
これは、バレット食道がんの素地を取り払う意味で、予防法の第一とおもわれます。
また欧米ではバレット食道癌が多いため、予防的にバレット食道の部位に内視鏡を使って焼灼する手術が試みられています。しかし我が国では症例が少ないため、現在のところほとんど行われていません。