胃潰瘍の７０％、十二指腸潰瘍の95％がピロリ菌によって引き起こされるといわれています。
胃潰瘍の原因にピロリ菌の関与する割合が低いのは、非ステロイド性消炎鎮痛薬による胃潰瘍が増えているためです。とくに、アスピリンは代表的な鎮痛剤で、風邪の治療薬や慢性関節リウマチの治療薬に多く用いられています。
非ステロイド性消炎鎮痛薬は、胃酸から胃粘膜を守る役目をしているプロスタグランジンの合成を抑制します。このため、胃の粘膜の防御が障害され、潰瘍が発生するといわれます。
これに食事の不摂生やストレスが加わると、さらに潰瘍の発生が促されることになります。
現在分かっている有害なピロリ菌とは、ピロリ菌自身が発生する空胞化細胞毒素（VacA) とその関連遺伝子（CagA) をもつもので、これらの毒性が強いピロリ菌こそ胃潰瘍や胃がんの本当の病原体で、弱毒株の方はほとんど害のない常在菌ではないかと言われています。