国民の多くが除菌薬を飲んだとすると、ピロリ菌がいるあいだはおとなしくしていた別の菌が、除菌のあと突然暴れだす（菌交代現象）心配があります。
またピロリ菌自身にとってみれば、なんとか生き延びる方法を考えなければなりません。
そこで、除菌療法の薬に耐えられるからだに姿を変えようとします。
すなわちみんなが除菌薬を飲むようになると、耐性菌の発生する危険性があるのです。