もっとも多く見られるのが下痢で、約10％にみられます。
ただし、７日間の服用後は、自然に消失します。
そのほか、吐き気や湿疹・味覚障害・微熱・肝臓障害などがみられますが、いずれも頻度が少なく一時的なものです。
いずれにしても、症状が強ければ主治医に相談して、中止するかどうかを決めてください。
稀に、腹痛や血の混じった下痢をともなう出血性腸炎がありますが、この場合は
ただちに除菌薬の服用を中止する必要があります。
２次除菌では、メトロニダゾール（フラジール）の服用中飲酒すると、吐き気や嘔吐を誘発しますので、除菌中はアルコールを控えてください。