細菌やウイルス・原虫が口から侵入し、腸内で繁殖するか、毒素を産生して腸炎を引き起こし、腹痛・下痢・血便・発熱を生じるものです。
成人では細菌性腸炎が、小児ではウイルス性胃腸炎が多くみられます。
細菌ではキャンピロバクター、サルモネラ菌、腸炎ビブリオが全体の60％以上を占めており、その他には病原大腸菌、ブドウ球菌、ボツリヌス菌、ウェルシュ菌、セレウス菌などがあります。
発生状況をみると、従来の飲食物を介する感染ばかりでなく、院内感染や輸入感染症（輸入食品・動物）、性行為による感染症、移植をうけられたかたや免疫不全のかたにみられる感染症など多岐にわたっています。
集団食中毒をおこす病原体としては、腸炎ビブリオ、サルモネラ菌、病原性大腸菌、ノロウイルスが大多数を占めています。
1996年の腸管出血性大腸菌感染症（O-157腸炎）の大流行をきっかけに、1,999年、伝染病予防法が改定され、感染症新法が施行されました。
赤痢、コレラ、腸チフスは２類感染症に分類され指定病院への入院が義務付けられ、腸管出血性大腸菌感染症は３類感染症に分類され就業制限にて被害拡大阻止の措置がとられました。