現在おこなわれている便潜血検査は、免疫学的便潜血反応といい、ヒトの血液なら微量でも反応し、しかも大腸からの出血のみを拾い上げるという検査法です。
大腸ガンは大量出血するということはなく、ガンと食物の摩擦によりガン表面から僅かに出血するのが特徴です。
したがってこの検査法は大腸ガンの微量出血をみつけるのに最も適しているといわれています。
ただし大腸ガンから常に出血しているとは限らないため、２日連続法で逐年検診（毎年１回）が推奨されています。

注腸造影は肛門から造影剤を注入し、X線で大腸内を撮影する方法です。
内視鏡検査にくらべ、大腸病変の部位や形、広がりを客観的に捉えるのに優れています。
なお最近、２方向のＣＴ検査のあと、画像を処理して疑似内視鏡像を作成するバーチャルエンドスコピー（仮想内視鏡検査）が開発されています。
しかしこれも大量の下剤の飲用と、肛門から多量のガスを注入しなければなりません。
さらに、これらのX線検査では、病変を発見しても組織検査が出来ず、ポリープを発見してもそれを切除できないという弱点があります。

現在、もっとも信頼性のある検査法です。
直接大腸のなかを観察できるため、早期ガンなどの微小な病変を発見するのに最も適しています。
またポリープなどを発見した場合、その場で切除できますし、出血病変に対しても直ちに止血処置をすることができます。
しかし、大腸内に食物残渣が残っていると病変を発見するのが難しくなります。
さらに、X線検査と異なり検査中に病変を見落とすと、後で見直すことができないという弱点があります。