発酵とは、微生物が繁殖して有機物が分解し、もとの成分が変化することをいいます。

その点で、腐敗と何ら変わりませんが、われわれ人間にとって有用である場合に発酵と呼び、有害である場合を腐敗と呼びます。

かつて冷蔵庫などのない時代、人々は食物をいかに保存するかという工夫をし、干物（ひもの）、塩漬け、燻製さらには発酵による保存法を開発してきました。

発酵は自然界の微生物を応用した食文化で、高温多湿な東アジア地域に集中してみられる特殊な製法です。

そして納豆菌で納豆、乳酸菌で漬物やヨーグルト、酢酸菌で米酢、麹菌で味噌や醤油、麹菌・酵母菌で日本酒や焼酎をつくってきました。

食べられないものを食用にする発酵

なんといっても発酵食品は、そのままでは食用にならないものを、微生物に分解させることで、独特の風味をつくりだす魅力があります。

麹菌はコウジカビと呼ばれているカビの一種で、とくにデンプンをブドウ糖に分解するのに秀でています。

熱にも強く、日本酒の醸造には、米のデンプンを分解するアミラーゼの多い麹菌を利用し、味噌や醤油醸造には大豆のタンパク質を分解するプロテアーゼの多い麹菌を利用します。

酵母（イースト）菌はブドウ糖をアルコールと二酸化炭素に分解する菌類で、酒類（ビール，ワイン，清酒，ウィスキー），醤油，味噌の醸造やパンの製造に使用されています。

また乳酸菌は、強い酸性でまわりの細菌を死滅させ、乳酸を産生します。熱にも強く、酸素はなくても生育します。

さらに、納豆菌は40℃を適温とし、納豆のタンパク質をアミノ酸に分解し、独特の旨み（グルタミン酸）をつくりだします。

ただ酸に弱いため、乳酸菌が増えると活性度が低下します。