結核菌は主に気管支から肺に入って炎症をおこします。

肺から肺の表面に炎症が広がると、胸膜炎（以前は、肋膜ともいった）をおこし、肺炎が進むと化膿して空洞をつくり、難治となります。

肺のほかには首のリンパ節（以前は、るいれきともいった）など全身のリンパ節に広がりやすく、ついで骨、関節（脊椎カリエスなど）、腎臓（腎結核）、膀胱、胃腸、皮膚、目、耳、生殖器、脳（結核性髄膜炎）など全身に広がります。