2次除菌の成功率が９５％と、高い除菌率を示していますが、決して１００％ではなく、2次除菌でもうまく除菌できなかったかたには、3次除菌への期待が高まっています。

このため大学病院などで、様々な併用療法が試みられています。

なかでも現在、強い抗菌活性を示すニューキノロン系抗生剤のシタフロキサシン（商品名グレースビット）200㎎/日を用いて、これに従来のプロトンポンプ阻害薬、アモキシシリンを加えた3剤併用療法が高い除菌効果を示しています。

これが将来、3次除菌療法として定着する可能性はありますが、現在のところ保険診療では承認されておらず、自費診療（1万5千円～２万円）とならざるをえません。