除菌の判定には、尿素呼気テスト（絶食で来院し、吐き出した息に含まれる尿素の量でピロリ菌が生きているか否かをみる方法）が最もすぐれた検査法といわれています。

これと並んで、便中抗原測定法も尿素呼気テストと同等の正確さがあり、除菌判定に適しています。

ところで、しばしば血液検査（血中ピロリ抗体）で除菌の判定をしてほしいという希望がありますが、これにはやや問題があります。

ステロイド使用中のかたや、高齢者、幼児など免疫力の弱いかたでは、偽陰性（本当は陽性）になることがあります。

また、除菌後、半年で抗体価が除菌前の５０％以下になればおそらく除菌成功と思われますが、一方で、抗体価が下がるのに１年以上かかるかたもおられますので、血液検査で除菌判定するのは、控えたほうが安全です。