大きさ、形、色などを参考にすれば、ポリープとガンは肉眼でも大体見分けることができます。

実際には、ポリープの表面に色素を撒布して、拡大内視鏡で粘膜表面の模様（ピットパターン）を観察し、ガンか否かを鑑別する手法がとられてきました。

しかし最近では、狭帯域光観察（Narrow band imaging）といって、胃腸の粘膜表層の毛細血管と粘膜微細模様を強調して観察し、良性、悪性の鑑別をする手法がより一般的となってきました。