潰瘍性大腸炎の原因として最も可能性が高いといわれているのが、自己免疫の異常です。

からだを外敵から守ろうとする自己防衛システムが故障し、自分のからだの一部（大腸）を外敵だと勘違いして攻撃してしまうため、大腸に潰瘍をつくってしまうという説です。

こういう病気を自己免疫性疾患と呼んでいます。

そのほかには、激しいストレスや腸内フローラの異常（悪玉菌の増加）、食生活の欧米化、遺伝性などが、原因としてあげられていますが、結論には至っていません。